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多序列比对看相似性-怎样分析多序列比对结果,结构域?

DNA序列比对中的同源性,相似性,一致性三个概念有何联系与区别?

相似性和同源性:相似性(similarity)和同源性( homology)是两个完全不同的概念。

同源序列是指从某一共同祖先经过趋异进化而形成的不同序列。相似性是指序列比对过程中检测序列和目标序列之间相同碱基或氨基酸残基序列所占比例的大小。当两条序列同源时,它们的氨基酸或核苷酸序列通常有显著的一致性(identity)。如果两条序列有一个共同的进化祖先,那么它们是同源的。这里不存在同源性(homology)的程度问题,两条序列要么是同源的要么是不同源的。

怎样分析多序列比对结果,结构域?

多序列比对在分子生物学中是一个基本方法,用来发现特征序列,进行蛋白分类,证明序列间的同源性,帮助预测新序列二级结构与三级结构,确定PCR引物,以及在分子进化分析方面均有很大帮助,ClustalW(Dos版本)很适合这些方面的要求,ClustalX是window版本。用Clustal比对后的序列,有时候我们需要转为图片放在文章作详细方析,但大部分人的方法都是直接截图,这样的后果就是图片一点都不美观。如果你是想要发表文章或其它比较重要的用途,图片的质量还是需要高一点的。

如何利用bioedit多序列比对后输出带点的比对结果?

首先要把所有的序列复制到windows自带的记事本中,全部以fasta格式存到同一个文件中,保存成*.txt,序列内部最好不要有空格或者换行.序列格式举例如下:“>序列1ATCG.ATCG>序列2ATCG.ATCG>序列3ATCG.ATCG>序列4ATCG.ATCG”然后用Bioedit打开刚才保存的文件*.txt,点击窗口上方的Accessoryapplication菜单,再点击clustelWmultiplealignment,这时候会弹出一个窗口,直接选择RunclustalW,又弹出一个窗口,选择ok,等待结果就行了.最后的比对结果可以保存成*.fas格式,适用于各种分析.

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标签: 序列    同源    比对    相似性    ATCG